La gran variedad de hábitats en La Comarca de Montes de Toledo alberga una fauna extremadamente interesante e importante, que destaca en toda la provincia de Toledo. Este lugar nos brinda la oportunidad de observar en invierno especies migratorias transaharianas, como la Cigüeña negra Ciconia nigra, y también es posible avistar individuos de especies que han sido históricamente afectadas por el cambio en la gestión ganadera y el uso de cebos envenenados, como el Buitre negro Aegypius monachus.

También se pueden encontrar poblaciones excelentes de especies de alto valor socioeconómico, como el Conejo Oryctolagus cuniculus o el Venado Cervus elaphus, que permiten la caza en muchas áreas de dehesa y monte mediterráneo del suroeste peninsular. La gestión adecuada de estas poblaciones es crucial para compatibilizar el rendimiento económico con la conservación de estas áreas de alto valor ecológico.

El Conejo es una presa clave para muchos depredadores típicamente mediterráneos, como el Lince ibérico Lynx pardinus, que es el felino endémico más amenazado del mundo. Sus poblaciones son muy pequeñas y fragmentadas, lo que pone en constante peligro la supervivencia de la especie. Otro depredador que depende del Conejo es el Águila imperial ibérica Aquila adalberti, una de las especies más amenazadas del mundo y exclusiva de la península Ibérica, siendo considerada una joya tanto a nivel regional como nacional.

El Águila perdicera, también conocida como Hieraaetus fasciatus, está en peligro de extinción a nivel regional. Los Montes de Toledo albergan una de las mayores densidades de parejas reproductoras de esta especie y son el hogar de poblaciones mejor conservadas.

En la región, en los humedales y embalses, como en el Monumento Natural de las Barrancas de Castrejón y Calaña, podemos ver muchas aves acuáticas cuyas ubicaciones varían a lo largo del año. Por ejemplo, el Cormorán grande Phalacrocorax carbo pasa el invierno en la zona, mientras que el Martinete Nycticorax nycticorax anida allí. No obstante, es importante recordar en la región la existencia de especies menos populares y difíciles de observar, pero que son crucial para la salud del medio ambiente debido a su estrecha conexión con el ecosistema.

Por ejemplo, la Pardilla Iberochondrostoma lemmingii es un caso en el que sus poblaciones están severamente fragmentadas y afectadas por la presencia de especies exóticas. Esta especie exclusivamente ibérica encuentra su límite oriental de distribución mundial en los ríos de la comarca. Por otro lado, el Jarabugo Anaecypris hispànica es una especie endémica de la cuenca del río Guadiana, y tiene una de las poblaciones mejor conservadas de la península Ibérica en el río Estena, a su paso por el Parque Nacional de Cabañeros. A pesar de esto, también sufre el grave impacto de las especies introducidas en los ríos y la contaminación.

La Nutria Paleártica (Lutra lutra), la Salamandra (Salamandra salamandra), el Lagarto verdinegro (Lacerta schreiberi) y el Sapo partero ibérico (Alytes cisternasii) son especies notables en la Comarca, especialmente sensibles a la alteración de los ecosistemas acuáticos. Además, el Caballito del diablo (Coenagrion mercuriale) también es una especie destacada que se encuentra en la zona.

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