En este Parque se pueden encontrar 1.000 especies catalogadas de plantas vasculares, de las cuales 98 son árboles y arbustos. Los bosques mixtos están compuestos por quejigos, arces, encinas y alcornoques, con una dominancia de unas u otras especies dependiendo de la zona. Estos antiguos bosques de encinas, alcornoques y el aromático matorral mediterráneo representan el paisaje ibérico más auténtico.

En las áreas sombreadas es factible hallar algunos acebos. Los lagos y lagunas se cubren de ranúnculos, mientras que en las partes tranquilas y profundas del río Bullaque son comunes los nenúfares amarillos.

A numerosas aves les brinda cobijo el sotobosque que se compone de arraclán, mirto, brezo, zarza y algunas lianas como la madreselva y la zarzaparrilla, a sus pies.

Dentro del Parque se encuentran varias especies vulnerables incluidas en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Castilla-La Mancha, como el tejo, el loro, el satirión de tres bulbos y el junco blanco.

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